Năm 2006, dự án tuyến metro số 1 (Bến Thành - Suối Tiên) được lên kế hoạch với tổng mức đầu tư dự toán là 17.000 tỉ đồng. Tuy nhiên sau 2 năm, con số này đã được điều chỉnh lên 47.000 tỉ đồng (tăng 87%).
Tương tự, tổng vốn đầu tư tuyến metro số 2 (Bến Thành - Tham Lương) cũng tăng lên gần 50% vốn so với kế hoạch ban đầu, từ 1,3 tỉ USD lên 2,134 tỉ USD. Chính việc thay đổi vốn quá “khủng” so với dự toán ban đầu khiến cả 2 dự án mất rất nhiều thời gian chờ sự thông qua của Quốc hội. Đơn cử như tuyến metro số 1, lãnh đạo TP khẳng định dự án này không thiếu vốn, TP đã ký quyết định vay có sẵn với Nhật Bản, dự án đã có 35.000 tỉ đồng nhưng đã gần 2 năm trôi qua, các cấp thẩm quyền chưa “gật đầu” thì số vốn này vẫn chưa được sử dụng. Tính từ cuối năm 2016 đến nay, TP đã phải tạm ứng cho dự án 3.273 tỉ đồng và chắc chắn việc “giật gấu vá vai” này chỉ là giải pháp tạm thời, TP.HCM không thể gồng mình gánh cả tuyến thời gian dài.
PGS-TS Nguyễn Trọng Hòa, nguyên Viện trưởng Viện Nghiên cứu phát triển TP.HCM, khẳng định vấn đề khó nhất trong việc xây dựng hệ thống metro tại TP.HCM hiện nay là sắp xếp vốn. Không chỉ tuyến số 1, tuyến số 2 kéo dài đến tận bây giờ cũng có thể khẳng định do thiếu tiền. Tuyến số 5 hay các tuyến sau chắc chắn không tránh khỏi chậm trễ. Ông Hòa cũng khẳng định việc chậm tiến độ sẽ làm tăng mức đầu tư do tăng chi phí quản lý, rủi ro về tỷ giá hay biến động giá xây dựng, tùy từng dự án và thời gian kéo dài. “TP không có đường lui, đã làm rồi thì buộc phải hoàn thiện hệ thống metro. Nên Chính phủ phải có cái nhìn toàn cảnh để ưu tiên ngân sách vì hệ thống metro không chỉ tác động mạnh mẽ đến giao thông, k