Cuộc thi Hoa Hậu Biển Việt Nam 2016 diễn ra từ tháng 3/2016 đến tháng 5/2016 tại Tuần Châu, Hạ Long, Quảng Ninh. Tuy là lần đầu tiên cuộc thi được tổ chức nhưng rất chịu đầu tư cho chiếc vương miện của người đạt giải cao nhất khi thực hiện chiếc vương miện trị giá lên tới 1,5 tỷ đồng kèm theo giải thưởng 200.000.000 VNĐ tiền mặt sẽ được trao cho Hoa Hậu Biển Việt Nam 2016. Theo đó, Á Hậu 1 sẽ có giải thưởng 150.000.000 VNĐ, và Á Hậu 2 sẽ là 100.000.000 VNĐ tiền mặt. Bên cạnh, các giải thưởng chính, cuộc thi còn có 8 giải thưởng phụ, mỗi giải trị giá 20.000.000 VNĐ.
Về điều kiện tham gia cuộc thi, BTC cho biết: tất cả các nữ công dân Việt Nam tuổi từ 18 đến 25, đều có quyền đăng ký tham gia cuộc thi, nhưng phải tốt nghiệp trung học phổ thông và không trải qua quá trình phẫu thuật thẩm mỹ. Các thí sinh bước vào vòng sơ khảo sẽ được kiểm tra hồ sơ dự thi, đo nhân trắc học, trang phục tự chọn, catwalk…
Vòng sơ khảo đã diễn ra ở TP.HCM từ ngày 2 - 4/4/2016 tại khách sạn Rex, và Hà Nội từ ngày 8 - 10/4/2016 tại khách sạn Apricot. Kết thúc vòng sơ khảo, BTC sẽ chọn ra 60 thí sinh vào Bán kết, được tổ chức tại Tuần Châu – Hạ Long - Quảng Ninh vào ngày 6 - 9/5/2016. Đây cũng là nơi diễn ra đêm chung kết vào ngày 21/5/2016 với sự tranh tài của 40 thí sinh xuất sắc nhất.